临床微生物标本采集在感染性疾病诊断中应注意的若干问题

发布时间:2020-10-23       作者:徐英春       来源:临床实验室        浏览:2844       收藏: 0

作者:王瑶  徐英春

临床标本的规范采集和转运是感染性疾病病原学诊断最为重要的前提和基础,直接影响疾病的诊断、治疗和预后,同时也影响患者的住院时间和医疗费用以及感染控制等。高质量的标本不仅源于规范的标本采集,标本转运流程的质量管理也非常重要,这需要临床医师、护理人员、患者、转运人员和微生物检验人员密切配合、充分沟通,同时也需要医院管理部门从医疗流程角度给予优化和保障。国内外临床微生物标本采集相关指南、专家共识及标准,提供了标本采集及转运相关的规范操作程序[1-7],本文对其中影响病原学诊断的重要注意事项进行总结,供临床与微生物实验室工作人员在实际操作中应用参考。

一、基本原则[1-7]

1. 从具有代表性的感染部位采集标本,系统性感染除采集局部标本外应同时进行血培养。

2. 对于有正常菌群的部位(如经皮穿刺),在采样前进行消毒,根据消毒剂种类及作用时间,确保充分消毒。

3. 在恰当时机采集标本,尽可能在使用抗菌药物前采集标本。

4. 使用正确的采样方法和工具,采集足量标本。

5. 口腔表面和牙周病变、鼻窦炎、褥疮、烧伤、表面坏疽性病变、直肠脓肿等应采集组织或抽吸物,不宜使用拭子采样。

6. 检验申请中尽可能明确标本来源(如右足背伤口),尽可能提示可疑病原或特殊培养要求以及抗菌药物使用情况。

7. 使用适当运输培养基,如厌氧培养标本应使用厌氧运输培养基,病毒培养标本应使用病毒运输培养基等。

8. 一般标本应在2小时内送达实验室;脑脊液、生殖道标本、眼部标本、内耳标本及可疑含有对低温或环境敏感的病原体(如淋病奈瑟菌、脑膜炎奈瑟菌、流感嗜血杆菌和肺炎链球菌等)的标本不可冷藏,应在30分钟内送检。

9. 厌氧培养推荐进行床旁接种,或使用厌氧运输培养基转运至实验室,标本量少时需在30分钟内送检,量多的活检组织标本可在厌氧运输培养基室温保存24小时。

10. 不合格标本应予以拒收,对于珍贵但不符合检验标准的标本,应与临床进行充分沟通,明确可能对检验结果产生的影响,并在报告中说明。

二、血流感染[2-4, 8-12]

1. 血培养的采集及运送规范可参考卫生行业标准WS/T 503—2017[8]、美国临床与实验室标准委员会(CLSI)指南M47-A[9]、英国健康保护署血培养标准B37[10]等。

2. 采血量是影响血培养阳性率的最关键因素[1, 3, 4, 8-11],成人应采集2-3套血培养(采集自同一穿刺点,以1瓶需氧瓶加1瓶厌氧瓶为宜),根据血培养瓶说明书通常每瓶8-10ml血液。新生儿及儿童根据体重决定采血量,通常只采集需氧瓶,有厌氧菌感染高危因素时采集厌氧瓶。

3. 穿刺点消毒程序及作用时间,取决于所使用消毒剂。

4. 通常采集外周血,导管血仅用于判断导管相关性血流感染(CRBSI)。

5. 如送检导管尖端培养判断CRBSI,必须同时送检外周血培养,导管尖端Maki半定量培养瓶送检导管尖端5cm。如导管植入部位有局部渗出,应同时送检渗出物。皮下埋植式输液港,同时送检输液港内容物及导管尖端。

三、中枢神经系统感染[1-4]

1. 腰穿采集脑脊液标本第1管易被皮肤定植菌污染,一般不用于微生物学检查,应送检第2、3管。

2. 各类病原体检测所需标本量分别为:细菌≥1ml,真菌≥2ml,分枝杆菌≥5ml,寄生虫≥1ml,病毒≥2ml。

3. 若用于普通细菌培养,1小时内室温送至实验室;若可疑脑膜炎奈瑟菌等苛养菌感染,应在30分钟内保温送至实验室,或进行床旁接种;若用于病毒培养,则标本需2~8℃立即送检;若用于其他方面检测,则常温2小时内送检。脑脊液不能立即送检时,应常温保存,但不能超过24小时;若标本用于病毒培养,则应2~8℃保存且不超过72小时。

4. 脑脓肿患者应考虑厌氧菌或寄生虫感染的可能,厌氧菌培养标本应使用厌氧运输培养基送检或进行床旁接种。

5. 检验申请单中应区分脑脊液、脑室分流液、脑脓肿穿刺液等。

6.如怀疑颅内感染,脑组织样本应分为三份,分别送检病理和组织学检查、微生物培养(30分钟内或床旁接种)和分子生物学检测。

7. 怀疑细菌性或真菌性脑膜炎同时送检血培养。

8. 怀疑流行性脑脊髓膜炎时,应进行皮肤瘀斑的细菌学检查。

9. 若考虑为不常见病原体(如诺卡菌、分枝杆菌等)感染时,临床应提前告知实验室并在检验申请中说明。

四、眼部感染[1, 2, 4, 13]

1. 应指出标本具体来源,即睑缘、结膜、角膜、房水及玻璃体等,并标明左眼或右眼。

2. 标本收集方法取决于眼睛的感染部位。睑缘、结膜和角膜的刮屑标本比拭子更适合革兰染色。

3. 麻醉药对于一些病原体有抑制作用,一旦使用应在化验单上注明麻醉药名称和使用麻醉药后取材。

4. 因为标本量少,必须确定寻找病原体的先后次序,宜采样后立即接种或使用运输培养基,特别是对于厌氧培养。怀疑衣原体和/或病毒感染,实验室应提供特殊的培养基或用于核酸扩增试验(NAAT)的转运介质。

5. 正常皮肤定植微生物群通常不导致结膜炎,但有可能引起术后角膜炎和眼内炎。

五、耳部感染[4]

1. 中耳炎患者,最佳的标本是中耳鼓室内脓液。可通过鼓膜穿刺术或鼓膜切开术获得;有鼓膜穿孔和鼓膜置管术后的患者,在消毒耳道后,通过小头拭子收集中耳液。

2. 中耳炎患者不建议用棉拭子采集标本,不建议采集咽部、鼻咽部、鼻前庭或鼻抽吸物进行培养。

六、上呼吸道感染[4]

1. 化脓性扁桃体炎、急性咽部感染、猩红热,可采集化脓部位咽拭子进行培养、核酸检测,也可进行咽拭子A群链球菌抗原检测。

2. 常规不进行淋病奈瑟菌和脑膜炎奈瑟菌培养,如考虑感染或有接触史应特殊申请,室温运送并尽快接种,革兰染色不能鉴别。

3. 白喉棒状杆菌检测需同时采集鼻咽标本和鼻后孔标本。

4. 不推荐常规进行鼻咽拭子培养。

5. 喉炎主要由病毒引起。

6. 病毒检测采集咽拭子、鼻咽拭子、鼻咽抽吸液和鼻冲洗物等,使用病毒运输培养基转运。

7. 会厌炎不进行咽部标本培养,触碰发炎的会厌可能引起气道完全阻塞,应选择血培养。

8. 鼻窦炎应针吸采集鼻窦标本,不推荐使用拭子采集。

9. 筛查携带甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)采集鼻前庭拭子。

七、下呼吸道感染[1-4, 14, 15]

1. 下呼吸道标本采集方式和质量非常重要,因为标本易受口咽部菌群污染。

2. 痰标本留取前请患者用清水漱口,戴假牙者先摘掉假牙,向患者说明痰与唾液的区别,解释如何深部咳痰。

3. 下呼吸道分泌物应通过显微镜评估标本质量,不含或仅含很少鳞状上皮细胞、含大量白细胞的标本,所提供结果与临床更为相关。

4. 量少的标本,应有选择性进行检测,如肺活检标本。

5. 百日咳博德特菌培养应采集后鼻咽黏液标本,使用特殊运输培养基运送,并立即接种培养。

6. 支气管镜标本采集顺序为支气管冲洗液标本、支气管肺泡灌洗液、保护性毛刷标本和活检标本,应避免带血。

7. 支气管冲洗液中所含麻醉剂可能对细菌产生抑制作用。

8. 支气管毛刷仅能获得约0.001ml标本,需迅速转入运输培养基运送,干燥运输会使细菌快速死亡。

9. 下呼吸道标本真菌和分枝杆菌培养应连续3天采集晨痰。

10. 肺炎患者应进行血培养,可根据需要检测肺炎链球菌尿抗原、军团菌尿抗原。

11. 怀疑胸腔感染的患者需进行胸腔积液需氧菌和厌氧菌培养,应进行血培养。

八、感染性腹泻[1, 4, 16-18]

1. 宜在感染急性期(通常为5~7天内)采集标本;

2. 肠炎及发热患者建议同时送检血培养;

3. 伤寒沙门菌感染时,必要时需做骨髓培养;

4. 出现水样便且疑似霍乱的患者,必须进行霍乱弧菌检测。

5. 考虑抗生素相关性腹泻,应送检艰难梭菌培养、艰难梭菌乳酸脱氢酶(GDH)、毒素及毒素基因核酸检测。

6. 对于腹泻但暂时没有大便产生或排便困难的患者、婴幼儿,可采用直肠拭子,但不推荐作为常规检测标本;

7. 感染性腹泻病原多样且检测方法学存在较大差异,病原学检测务必明确送检目的,常规粪便培养通常仅选择性培养沙门菌属、志贺菌属,如怀疑其他病原感染,应与实验室沟通并在检验申请中说明,细菌、病毒、寄生虫、核酸及抗原检测对标本转运条件要求不同。

8. 感染性腹泻标本采集及送检规范可参考卫生行业标准WS271—2007[16]和WS/T 298—2017[17]

九、腹腔感染[2, 4]

1. 腹腔感染可采集腹水、腹膜透析液、病变部位抽吸物、病变组织等;

2. 尽量不使用拭子进行标本采集;

3. 尽量不使用各种引流标本;

4. 腹水标本若足量可直接注入需氧和厌氧血培养瓶,但应注意如为混合感染,因生长速度不同,缓慢生长细菌可能难以检出,应同时接种平板培养基。

5. 厌氧培养可将体液标本直接注入厌氧血培养瓶,其他标本采集后床旁接种或使用厌氧运输培养基送检;

6. 病毒或核酸检测标本转运应使用转用运输培养基。

十、骨和关节感染[1, 2, 19]

1. 骨髓炎患者通过影像引导或手术采集骨活检标本,包括完整的骨、骨碎片、骨切割物、骨刮取物、切除或抽吸的坏死组织、脓液等。

2. 窦道拭子培养对骨髓炎没有诊断价值,不予推荐。

3. 建议在感染部位3~5处,各采集一块组织,每块组织单独放入不同无菌容器分别送检,滴加生理盐水保持标本湿润。

4. 怀疑布鲁菌骨髓炎时,应告知实验室,并延长培养时间至少1周。

5. 慢性牙髓感染可侵犯邻近组织,形成上颌骨、下颚骨骨髓炎,有可能为放线菌属感染,床旁接种或使用厌氧运输培养基转运标本。

6. 糖尿病肢端感染伴骨髓炎常为混合感染,应考虑可能存在厌氧菌,应清创后在病变边缘深部取样,床旁接种或使用厌氧运输培养基转运标本。

7. 肢端慢性软组织感染(足菌肿)可扩展到邻近骨和结缔组织,形成流出性窦道,如窦管流出物可见硫磺颗粒,应考虑诺卡菌检测。

8. 关节炎患者可采集滑膜液/囊液、滑膜活检组织、血培养及病原血清学或核酸检测。

9. 关节假体感染患者可采集滑膜液、活检组织、假体送检。取出感染假体后,应经超声等处理后培养,并应采集感染部位3~4块独立组织进行培养。

十一、尿路感染[1, 3, 4, 20]

1. 送检尿培养同期应进行尿常规检测。

2. 尽可能留取晨尿或在膀胱内停留4小时以上的尿液,留尿前尽可能减少因液体摄入稀释尿液。

3. 切不可采集尿袋内的尿液送检,导尿管尖端也不能用于培养。

4. 对于有症状的患者(尿痛、尿急或尿频),一份标本通常足够诊断,在治疗48-72h后再采集另一份标本。对于无症状患者,可能需要采集2-3份标本。如果怀疑肾结核,应当连续采集三份晨尿。

5. 婴幼儿由于难以规范留取清洁中段尿,易出现假阳性,培养结果阴性更有意义,如培养结果阳性,必要时可用膀胱导尿或耻骨上膀胱穿刺法采集尿液标本进一步确证有无尿道感染。

6. 膀胱穿刺尿是评估膀胱内细菌感染的“金标准”,可用于诊断尿道厌氧菌感染,可用于儿科患者、脊柱损伤患者和没有获得明确培养结果的患者。

7. 尿路感染标本的采集和运送规范可参考卫生行业标准WS/T 489—2016[20]

十二、男性生殖道感染[2, 4, 21]

1. 前列腺炎适合送检的标本包括前列腺液、尿液、精液和前列腺活检组织,可进行尿四杯试验或尿两杯试验。

2. 附睾炎/睾丸炎可采集尿道拭子、尿液、附睾或睾丸活检组织。

3. 尿道拭子采样前患者应停止排尿至少1小时,应避免外阴或包皮定植菌污染,无菌操作。

4. 生殖器溃疡拭子采集前,应进行生理盐水清洗,无菌拭子除去溃疡表面分泌物,使用新的拭子挤压病变底部,采集渗出液。

5. 疱疹拭子采集前,使用生理盐水清洗患处,消毒后用针头或解剖刀切开疱疹,在基底部用拭子采集液体和细胞。

6. 手术采集淋巴结抽吸物及活检组织,不可将仅仅擦拭表面的拭子送检。

7. 淋病奈瑟菌培养标本必须立即接种,或使用运输培养转运。

十三、女性生殖道感染[1-4]

1. 女性生殖道感染患者,可采集标本阴道、宫颈分泌物拭子,脓液或病变基底部刮取物。

2. 厌氧培养仅限于来自剖腹产的胎盘、子宫(子宫内膜)、后穹窿穿刺术、输卵管、卵巢、前庭大腺。

3. 淋病奈瑟菌培养标本必须立即接种,或使用运输培养转运。进行淋病奈瑟菌检查时,建议同时检测衣原体。

4. 阴道或宫颈分泌物革兰染色,不能诊断淋病奈瑟菌,因为存在其它类似形态病原体。

5. 衣原体检测不应采集阴道分泌物,应采集宫颈拭子,使用衣原体运输培养基转送。

6. 当怀疑毛滴虫感染以及出现明显的念珠菌斑块时,应采集阴道穹后部拭子。

7. 子宫内膜标本最好通过吸引刮匙采集,不应该使用无保护的拭子通过子宫颈采集。

8. 怀疑盆腔感染,首选盆腔标本,其次为阴道穹后部穿刺液。

9. B群链球菌检测应采集阴道直肠拭子。

十四、皮肤软组织感染[1-4, 22]

1. 伤口表面的培养(包括褥疮溃疡)没有价值,因为通常分离的是定植菌,与真正的病原菌无法区分。

2. 对大多数开放性损伤,取样前去除表层覆盖物,于深层基底或病变有进展的边缘取样。

3. 对于干燥结痂损伤,在无渗出物的情况下,不推荐取样培养。

4. 闭合性脓肿,取渗出物和脓肿壁标本。

5. 开放性脓肿,需对脓肿部位进行清创后取样。

6. 烧伤取样培养需在深度清洁和清创术后进行,推荐采集活检标本。

7. 不要仅采集脓液标本,应采集损伤深层基底或边缘的标本。

8. 检验申请不要仅标注为“伤口标本”,应给出具体描述和解剖来源,标明标本来自开放性或者闭合性损伤,进行需氧或厌氧培养。

9. 革兰氏染色可评价标本的质量,如果存在上皮细胞,说明标本存在表面污染;如不存在上皮细胞,而只有白细胞,说明标本质量合格。

临床微生物标本类型多样,采集部位、采集方式、保存容器、运输介质、转运温度及时间都对病原诊断具有重要影响,而不同病原及检测方法学也对标本有着各自不同的要求。临床医护人员应熟悉对所在专业常用临床微生物标本采集的技术规范,掌握所在单位不同病原检测项目对标本的要求,临床微生物实验室人员应具备指导临床采样和优化送检流程的能力。共同通过提高标本质量,提高感染性疾病病原诊断、治疗和感染控制能力。


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