宏基因组检测临床案例两则

发布时间:2019-09-26       作者:DDM       来源:临床实验室        浏览:2090       收藏: 0

一、肺部细菌真菌混合感染案例

病史摘要:男性患者,49岁,因“四肢皮肤肿硬7月余”入院。患者自诉于7月前四肢皮肤开始变肿变硬,伴有双手遇冷变白变紫,多关节疼痛,主要以颈部、双肩、肘腕关节、掌指关节、踝关节疼痛,活动可,有胸闷,活动后加重,伴有进食困难,无明显口干、眼干,无病理性脱发,到当地医院就诊,考虑风湿免疫性疾病,治疗不详,病情未见明显缓解,于外院就诊,考虑系统性硬化症,给予激素醋酸泼尼松龙4片bid,吗替麦考酚酯0.5g bid,雷公藤多苷2片tid,硫酸羟氯喹片2片bid等治疗,症状稍有缓解,两周后激素逐渐减量,目前口服激素3.5片qd,同时按原剂量MMF+TW+HCQ等治疗。患者此次就诊自诉2月前感胸闷、气促、乏力加重,2天前无明显诱因开始发热、腹泻,最高体温38℃,无寒战,水样大便,5次/日,间有咳嗽、咳痰,四肢皮肤肿硬、关节疼痛如前,门诊拟诊“系统性硬化症”,此次发病以来,患者精神、胃纳欠佳,小便无特殊,水样大便,近期体重未见明显增减。患者平素健康状况一般,于2018年行扁桃体摘除术。


体格检查:双肺呼吸音粗,未闻及明显湿性啰音,心率149次/分,律齐,未闻及病理性杂音。双下肢足背中度凹陷性水肿,四肢皮肤肿硬,双手指端皮温低,双侧近端指间关节背侧溃疡,肌力、肌张力下降。


生化检验:B型钠尿肽前体<20pg/ml。血常规示:白细胞数19.26*10˄9/L,中性粒细胞百分数82.3%,血沉49mm/h;C反应蛋白(CRP)405.00mg/L;PCT 0.15µg/L。


免疫检验:免疫球蛋白A 0.89g/L,免疫球蛋白G 6.31g/L,K-轻链4.35g/l。


CT示:1. 两肺感染;2. 右肺中叶类结节影,炎性病变可能;3. 两肺间质性改变;4. 心包积液;5. 纵膈淋巴结增大,左肺门影增大;6. 双侧胸膜增厚;7. 脂肪肝。


结合患者病史,体格检查及实验室检查结果,拟诊“1. 系统性硬化症;2. 间质性肺病;3. 重症肺炎;4. 低蛋白血症;5. I型呼吸衰竭”。予甲强龙20mg治疗原发病,加强补液支持治疗。


宏基因组检测结果:为明确感染病原体,取患者肺泡灌洗液进行PDC-SeqTM病原微生物宏基因组检测(DNA+RNA),结果如下:

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耶氏肺孢子菌:在自然界广泛存在的真菌,也可存在于人的肺组织内;机体吸入空气中的肺孢子菌包囊感染,转为滋养体,寄生在肺泡上皮细胞和肺泡间隔内。大多隐形感染,机体免疫力下降时转为显性感染,引起耶氏肺孢子菌肺炎。肺孢子菌肺炎是由肺孢子菌引起的间质性浆细胞性肺炎,为条件性肺部感染性疾病。近些年随着免疫抑制剂的应用,肿瘤化疗的普及,以及HIV感染率的上升,该病的发病率也随之上升。该病的潜伏期为4~8周。流行性婴儿型(经典型)流行于育婴机构。起病缓慢,先有厌食、腹泻、低热,以后逐渐出现咳嗽,呼吸困难,症状呈进行性加重,未经治疗病死率为20%~50%。儿童-成人型(现代型)起病较急,开始时干咳,迅速出现高热、气促、发绀,肺部体征甚少,可有肝脾肿大。该患者因拟诊“系统性硬化症”而长期应用激素治疗,使患者的免疫功能受到影响,对耶氏肺孢子菌易感。


奶牛乳房炎性诺卡氏菌:革兰氏阳性菌,广泛存在于环境中,可导致人和奶牛的诺卡氏菌病,引起肺部、皮肤、脑部化脓性感染及心内膜炎、败血症等。诺卡氏菌感染并不常见,多发生在免疫功能障碍或合并其他进行性疾病的患者,如长期应用糖皮质类激素、免疫抑制剂、广谱抗生素和2型糖尿病等免疫功能低下的患者,肺部是诺卡氏菌感染最常见的部位。诺卡氏菌病为诺卡氏菌引起的一种人兽共患的传染病,多数为亚急性或慢性化脓性,少数为肉芽肿性疾病,可侵袭皮肤和内脏,发生局部和全身感染,引起多种临床表现:1)肺部感染,即肺诺卡氏菌病,呈急性或亚急性起病。表现为小叶性或大叶性肺炎,以后趋向于慢性病程,可类似肺结核病表现。咳嗽,开始为干咳,无痰,继而产生黏脓性痰,也可在痰中带血;若有空洞形成,可有大量咯血。常伴有发热、盗汗、胸痛、消瘦、全身不适,体温在38℃~40℃之间;2)脑部感染,即脑诺卡氏菌病,1/3病例有中枢神经系统受侵袭,多由肺部病灶迁徙而来,少数亦可为原发性。侵袭脑膜引起脑膜炎,侵袭脑实质形成多发性脓肿,亦可以相互融合成大的脓肿,出现脑膜刺激症状或脑占位性病变;3)播散性感染,播散性诺卡氏菌病常由肺部病变开始血行播散到全身。肾脏是继脑以后较常见受累的部位,同时可发生心内膜炎、心肌炎和心包炎。肝、脾、肾上腺、胃肠、淋巴结以及肋骨、股骨、椎骨、骨盆和关节亦可受累;4)皮肤感染,皮肤诺卡菌病常由植物损伤皮肤后引起病原菌侵入而发病,亦可由肺部病变扩展而来,可呈链状排列的皮下结节群出现于臂部,表现为孢子丝菌病样诺卡氏菌病,也可表现为脓肿及慢性瘘管或疣状损害,类似皮肤结核,部分患者可发生广泛的水疱性皮疹,部分患者可发生坏疽性皮肤诺卡氏菌病,其表现开始为疼痛的皮下结节,表面皮肤潮红,以后迅速扩展并溃破,溃疡边缘不规则,并向内陷入,溃疡表面有黏滞的黄白色脓液。该患者出现四肢皮肤变肿变硬,遇冷变白变紫,双侧近端指间关节背侧溃疡,与诺卡氏菌病的皮肤感染症状相符合。治疗主要分为局部治疗和药物治疗,局部治疗主要针对皮肤脓肿、脑脓肿、脓胸等,可辅以切开排脓及切除坏死组织。药物治疗首选磺胺类药物。常用磺胺嘧啶,至少用到全部症状和体征消失6周以后。有迁徙性脓肿或免疫功能低下的患者,应连续治疗1年,以防止潜在病变复发。联合甲氧苄啶(TMP)可提高疗效。其他磺胺类药物如磺胺噻唑(ST),亦有良好疗效。也可将磺胺类药物与氨苄青霉素联合使用。若对磺胺类过敏或出现难治性感染,可用丁胺卡那霉素、四环素、亚胺培南、头孢曲松、头孢噻肟。急性期可加用链霉素。脑部感染者可加用环丝氨酸。


二、立克次体感染案例

病史摘要:女性患者,26岁,因“发热10天”就诊于当地诊所,体温38°C左右,予输液治疗后体温可恢复至正常,具体诊疗不详。2天后再次出现发热伴呕吐,当地诊所查血常规示:白细胞数4.41*10˄9/L,中性粒细胞百分数74.0%,淋巴细胞百分数19.3%;血小板数72*10˄9/L;超敏C反应蛋白(CRP)34mg/L;肺炎支原体抗体IgM阴性。先后予舒普深及美罗培南抗感染治疗;2天后复查血常规示:白细胞数5.05*10˄9/L,中性粒细胞百分数84.3%,淋巴细胞百分数9.8%,血红蛋白110g/L,血小板数50*10˄9/L;超敏C反应蛋白(CRP)56.6mg/L;抗核抗体谱阴性;胸平片无异常,腹部CT示:1. 子宫后壁低密度灶,子宫内膜移位?2. 脾脏增大,盆腔积液。住院期间体温最高达39.9℃,次日出现胸闷气急症状,予以吸氧治疗后好转。患者仍有反复发热伴咳嗽不适,为求进一步治疗而转院。急诊查血常规示:白细胞数10.6*10˄9/L,血红蛋白110g/L,血小板数60*10˄9/L,中性粒细胞百分数83.4%;谷丙转氨酶106U/L,谷草转氨酶142U/L,碱性磷酸酶111U/L,谷氨酰转肽酶74U/L,白蛋白29.2g/L;超敏C反应蛋白(CRP)46.3mg/L;PCT0.50µg/L。胸部CT示:两侧胸水,少量心包积液,两肺间质为主水肿,左肺为主多发斑片渗出或伴炎症;右肺数个结节。拟诊“肺炎”收入院,予补液、莫西沙星0.4g/d静脉滴注抗感染、护肝治疗。既往有腰椎间盘突出,术后5年。


检测结果:为明确感染病原体,取患者肺泡灌洗液进行PDC-SeqTM病原微生物宏基因组检测(DNA+RNA),结果如下:

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经追问,患者自诉曾于2周前去厦门旅行,行走于森林中。结合患者的经历及临床症状、血常规及影像学检查结果,我们认为恙虫病立克次体为导致患者此次反复发热的致病病原体。立克次氏体(Rickettsia)为革兰阴性菌,是一类专性寄生于真核细胞内的原核生物,是介于细菌与病毒之间,而接近于细菌的一类原核生物。一般呈球状或杆状,是专性细胞内寄生物,主要寄生于节肢动物,有的会通过蚤、虱、蜱、螨传入人体、如斑疹伤寒、战壕热。恙虫病立克次体:是恙虫病(丛林斑疹伤寒)的病原体。本病首先在日本发现,目前,我国东南沿海地区和台湾省也有病例报告。在日本,病人的死亡率约有60%。这种病原体由恙螨叮咬侵入人体,随血液扩散至血管内皮细胞中生长,发病。临床特征为发热、虫咬溃疡或焦痂、皮疹及淋巴结肿大血清变形杆菌OX凝集试验阳性。该病多发生于亚洲太平洋地区,其中以东南亚为主要流行区,在中国常见于浙江、福建、台湾、广东、广西、云南、贵州、四川等省、自治区,以沿海岛屿多发。该病为一种自然疫源性疾病,病原体存在于啮齿类及食虫类动物体内,其中鼠类是主要传染源。恙螨为传染媒介。在自然界,鼠与恙螨之间有恙虫病立克次体的感染循环,立克次体在恙螨体内可经卵传代,人被恙螨叮咬而发病。人对此病普遍易感,野外工作者及青壮年发病率高。该病有明显季节性,在中国南方各省夏秋季发病率最高,6~9月为高峰。


恙虫病的初发症状与流行性感冒、肺部感染相似,难以确诊。故仔细查看患者体表有无“焦痂”或虫咬溃疡,以及详细询问患者近期是否有野外活动史,对于明确诊断亦十分重要。疑似恙虫病的临床表现:1)持续高热,β-内酰胺类抗生素治疗无效;2)持续高热,出现不规则形状的皮疹;3)有白细胞减少倾向;4)C反应蛋白呈强阳性反应。


临床诊断的依据:1)持续高热,有“焦痂”或虫咬溃疡;2)有皮疹,淋巴结肿大,肝脾肿大;3)发病前约10天有野外活动史;4)四环素类药物治疗有效。对于恙虫病的最终确诊,DNA检测是目前最快速、特异、敏感的方法,发病第2天即可从患者血液中检出立克次体DNA,在用药后直至立克次体完全消除之前均可检出立克次体DNA。因此,检测立克次体DNA不仅可早期诊断,而且是追踪患者体内立克次体消除情况的好方法,有利于患者的早期治疗和防止复发。


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